Перед началом съёмок Орсон Уэллс посоветовал Серджио Леоне отказаться от постановки картины, т. к. практически все фильмы на тему гражданской войны неизменно проваливались в прокате.

В фильме лишь только пять актеров говорят на английском: Клинт Иствуд, Ли Ван Клиф, Эли Уоллах, Эл Мьюлок и Джон Барта. Все остальные актеры говорили на родном для себя языке, а на стадии пост-продакшна их дублировали на английский.

Изначально Эли Уоллах и Серджио Леоне решили, что Туко должен носить пистолет на веревке, привязанной к его шее, и в нужный момент вкладывать пистолет в руку ловким поворотом шеи. Однако после многочисленных неудачных попыток Илая проделать такой трюк, он обратился к Серджио Леоне, чтобы тот продемонстрировал данное движение. Леоне не смог схватить пистолет рукой, и пистолет ударил его в пах. После чего Леоне сказал, что Туко будет носить оружие за ремнем.

Афоризм «Когда мне платят, я всегда выполняю работу» — это из Яна Потоцки.

«Человек без имени» всего 17 минут за весь фильм носит «фирменное» Пончо, которое стало эпохальным за два первых вестерна.
В сцене, где Туко бежит по кладбищу, неожиданно справа в кадре появляется собака. Эту идею придумал Серджио Леоне для того, чтобы избежать мелодраматизма. Причем о появлении животного Эли Уоллах предупрежден не был. Поэтому его изумление вполне естественно.
В фильме играет актер Антонио Касас, ранее снимавшийся в фильме «Колосс Родосский» (1961) в роли феникийского посла.
Персонаж «Ангельские глаза», сыгранный Ли Ван Клифом, является, заимствованным из фильма Серджо Соллимы «Сдавайся и расплатись» (1966). Только там его героя зовут Джонотан Корбетт.

«Хороший, плохой, злой» — третий фильм из так называемой «Долларовой» трилогии Серджио Леоне. В каждой новой части этой трилогии становится на одного главного героя больше, т. е. в первой части «За пригоршню долларов» (1964) был всего один главный герой (персонаж Клинта Иствуда), в фильме «На несколько долларов больше» (1965) уже два главных героя, соответственно в «Хорошем, плохом, злом» главных героев уже три.

В фильме отсутствуют финальные титры.

Отдельные эпизоды фильма использованы в советских фильмах «Неуловимые мстители» (1966) (эпизод с каретой и выпавшим из нее трупом) и «Свой среди чужих, чужой среди своих» (1974) («Ты меня не убьешь. Ты меня беречь будешь — нашего человека в ЧК знаю только я»).

Фильм был снят в пустыне Табернас в Испании.

Первое слово в фильме произносится только на 10 минуте фильма.

В рекламном ролике фильма Ангельские Глазки — «Злой», а Туко — «Плохой». В фильме характеристика «Плохого» принадлежит Ангельским Глазкам, «Злого» — Туко. Всё дело в том, что название фильма было переведено на английский язык, как «Хороший, Злой, Плохой», а не «Хороший, Плохой, Злой». Данная особенность не была учтена во время создания американского трейлера.

Цена золота в 1862 году — $20,67 за унцию. Цена золота на 26 марта 2009 года — $938,21 за унцию. Следовательно, в сегодняшних ценах на золото $200,000 равняются $ 9,077,987.42.

По словам Эли Уоллаха, когда пришло время взрывать мост, Серджио Леоне попросил капитана испанской армии привести в действие детонатор в знак признательности сотрудничества между съёмочной группой и испанской армией. Было согласовано, что взрыв произойдет по команде Леоне, который должен был сказать по рации «Vai!». Однако один из участников съёмочной группы произнес по рации то же самое. Услышав сигнал, капитан нажал на кнопку детонатора. Мост был взорван, когда не работала ни одна камера. Леоне был настолько расстроен случившимся, что немедленно уволил человека, произнесшего команду к взрыву. Испанский капитан также был расстроен, т. к. взрыв отчасти произошел по его вине. Поэтому он предложил Леоне построить заново мост силами испанской армии, но при одном условии: уволенного члена съёмочной группы должны восстановить на работе. Леоне согласился, «виновника» вновь приняли на работу, мост был перестроен, и сцена благополучно снята.

Так как Серджио Леоне практически не говорил по-английски, а Эли Уоллах практически не говорил по-итальянски, они общались на французском.

Изначально Серджио Леоне хотел пригласить Джана Марию Волонте на роль Злого.

Роли Туко и Ангельских Глазок были предложены Чарльзу Бронсону.

В массовке было задействовано около 1500 испанских военных.

Четыре сцены было вырезано из оригинального релиза фильма на английском языке. Впоследствии данные сцены были восстановлены и дублированы с итальянского на английский. Клинт Иствуд и Эли Уоллах дублировали своих героев на английский, однако для дубляжа Ангельских Глазок пришлось пригласить другого актера, т. к. Ли Ван Клиф ушел из жизни в 1989 году.

Тюрьма «Беттервилл» была построена на основе реально существовавшей тюрьмы «Андерсонвилл».

Эннио Морриконе специально написал музыку так, чтобы в некоторых моментах она имитировала звук воющей гиены.

Клинт Иствуд носил одно и то же пончо во всех фильмах трилогии «Человек без имени». Пончо ни разу не стирали.

Согласно автобиографии Эли Уоллаха «Хороший, Плохой и я», Серджио Леоне утвердил его на роль Туко вовсе не из-за роли в фильме «Великолепная семерка» (1960), а увидев его в небольшой роли в фильме «Война на Диком Западе» (1962).

Нашивки на униформе солдат Конфедерации означают к какому подразделению они приданы: голубой цвет означал пехоту, золотой — кавалерию, красный — артиллерию.

Полная версия фильма имеет хронометраж 177 минут.

Первоначально, по замыслу Леоне, троица должна была выглядеть так: Клинт Иствуд — Чарльз Бронсон — Джан Мария Волонте (Хороший, Плохой, Злой соответственно). Но Бронсон в то время был занят на съёмках фильма «Грязная Дюжина»(1967), а Волонте, по словам режиссёра, недоставало «натурального комического таланта» — он был в большей степени трагедийным актёром.

«Хороший, плохой и злой» повторяет события из готического романа «Рукопись, найденная в Сарагосе» Яна Потоцки: это микросюжет с наёмным убийцей, который берёт деньги от двух врагов и обоих убивает по очереди.

В сцене, где герой Эла Мьюлока пытается убить Туко, принимающего ванну, Эл никак не мог запомнить свои реплики. В конце концов, Серджио Леоне настолько надоело снимать неудачные дубли, что он попросил Эла досчитать от одного до десяти со свирепым выражением лица. На стадии пост-продакшна слова Эла были дублированы на правильные реплики.