С 1990-х гг. в музее-заповеднике рассматривалась идея восстановления дворца. В итоге Правительством Москвы было принято решение о воссоздании дворца царя Алексея Михайловича «на территории бывшего села Дьякова с целью размещения в нем музейно-выставочного центра, создания экспозиции элементов культуры и царского быта XVII века, а также показа фондов, хранящихся в запасниках музея-заповедника “Коломенское”». В 2006 г. Департамент экономической политики и развития г. Москвы утвердил задание на разработку проекта дворца. Строительство началось в июне 2007 года и завершилось в августе 2010 г. Общая площадь дворца, состоящего из шести корпусов, связанных между собой переходами, составляет 7 230 м², в том числе 1 400 м² предусмотренных под художественное оформление интерьеров.

Всего во дворце воссоздано 24 интерьера в Хоромах Государя царя, Хоромах Государыни царицы и Хоромах царевича. Художественный образ каждого из них был выстроен исходя из раскрытия взаимодействия архитектуры и убранства с назначением помещения. Очевидно то, что парадные залы предназначались для проведения торжественных приемов, пиров и празднеств, личные жилые покои отводились для свободного времени и отдыха.

На работах по воссозданию интерьеров было задействовано 226 человек. Это были профессионалы 20 специальностей: технологи, модельщики, скульпторы, художники, иконописцы, художники по керамике, по дереву, паркетчики, позолотчики, драпировщики, кузнецы, ткачи, золотошвеи, ювелиры, обойщики. Многие мастера были приглашены в Москву из городов и сел России, известных своими народными промыслами, а также высоким уровнем владения строительными специальностями. Художники и строители приехали из Ярославля, Санкт-Петербурга, Истры (Новый Иерусалим) Московской области, Семенова Нижегородской области, Щигров Курской области.