Сюжет

Сценарий фильма является адаптацией романов «Мессия Дюны» и «Дети Дюны».
Новый император Вселенной, Пол Муад-диб живёт во дворце на Арракисе со своей любовницей Чани, которая ожидает ребенка. Он намерен превратить Арракис из пустыни, полной дюн, в цветущий сад. Видения преследуют императора-мессию, он слышит голоса своих нерожденных детей, предостерегающие его. Жена Пола, Ирулан Коррино живёт во дворце скорее как заложница, чем как императрица.
Но сородичи покойного Шаддама уже готовят возмездие. Они прибегли к помощи Тлейлаксу, зловещей расы, использующей мутантов-лицеделов, способных превращаться в кого угодно. Тлейлаксу создали клона Дункана Айдахо, старого друга Пола, убитого Харконненами во время истребления Дома Атреидес. Клон обладает внешностью Дункана, его характером и разумом, но не памятью. Нового Айдахо привозят Императору как дар примирения, и хотя искусственное существо вызывает отвращение у фриманов, Муад-диб принимает его у своего двора, а его сестра Алия даже завязывает с Дунканом близкие отношения. Никто, даже сам Айдахо, не подозревает, что в клона заложена особая программа.
Тем временем лицедел Скайтейл подбирается все ближе, внедряясь под разными личинами в окружение императора. Тот замечает неладное, но позволяет интриге идти своим чередом. Во время покушения на его жизнь, Пол теряет физическое зрение, однако не слепнет — он видит с помощью разума.
Когда приходит время родов у Чани, император не может найти себе места. Роды проходят сложно, и хотя рождаются двое здоровых детей, возлюбленная императора умирает. Его слова «Она умерла, Дункан!» — запускают программу убийства в мозгу клона. Однако верный Айдахо борется с собой и отказывается исполнять её. Скайтейл соблазняет Пола возможностью «воскресить» Чани, сделав её клона, но Пол, слышащий голоса своих детей в мозгу, убивает и лицедела. После этого слепой император уходит в пустыню, чтобы умереть.
Его наследницей становится Алия, а детей воспитывает приемная мать — Ирулан. В крови Алии бушует наследие Харконненов, доставшееся ей от матери — ей является покойный Барон, ставший частью её разума. Под его подстрекательством, она подавляет любую оппозицию себе и своим планам. Алия продолжает политику по орошению пустынь, не замечая, что губит тем самым великих червей и необходимый всему миру спайс. Члены дома Коррино похищают одного червя, чтобы вывести спайс у себя на родине и лишить Арракис монополии.
В оппозиции Алии оказываются дети Муад-диба, её мать Джессика, Ирулан и даже её любовник Айдахо. Всех их она преследует, а юный принц Лето оказывается в пустыне, где сродняется с великими червями, приняв часть их сущности.
Неожиданно из пустыни является пророк, в котором узнают воскресшего Муад-Диба. Он тоже обличает безумие Алии и требует прекратить прикрываться именем императора-мессии для подобных дел. Пророка убивает подосланный ассасин, которого линчует толпа. Алия, окончательно потеряв разум, кончает с собой, оставив империю Лето и Ганиме Атреидес.